黄连为浅根系植物。水平分布31-35 cm ，垂直分布10 cm 以下。移栽当年，须根生长旺盛。4 月为新叶盛发期，第3 年叶面积达最大值。叶芽呈二叉分枝，混合芽为合轴分枝，使根茎呈连珠状的节结向上生长。根茎开花结实期，小檗碱含量最低，以后逐渐升高，至10 月达最大值，然后下降。移栽后3 年，小檗碱含量最高或基本稳定，是黄连由营养生长转向生殖生长时期，黄连开花率达75% 以上。8~10 月花芽分化，其顺序为花萼、雄蕊、花瓣及雌蕊。在石柱县黄水地区， 9 月中旬为小孢子分化发育阶段， 10 月中旬为大孢子分化发育阶段， 12 月上中旬为胚囊分化发育阶段， 2 月中旬胚囊成熟。3 月中旬为胚的形成与发育阶段， 5 月中旬为球形胚发育， 7-8 月心形胚分化，第3 年2 月胚完全成熟。胚需在13~17℃下经3~6 个月或在0-5℃ 下2-3 个月才能完成后熟。2 月下旬至3 月上旬为精卵细胞受精阶段。花葶弯曲出土，然后伸直，当花草高达11.9 cm 时，开始开花，主花葶先开，分枝花葶后开，在一根花葶上，由下而上。在一朵花内，花药由外向内散开，开花后2~3 d ，花丝伸至3 ~6cm ，花药散开，散粉后第9d 达高峰，昼夜均可裂药散粉，以9~13 点的散粉最多。开花6h 后，花粉生活力下降， 22 h 后完全丧失生活力。成熟柱头10 d 内仍有生活力。自由授粉率与自交率均95% 以上。人工授粉率在46% 以上，故黄连常为异花授粉植物。黄连种子平均产78~441kg/ha ，随苗龄的增长，波动地上升，每隔1~2 年即可有一个种子丰产年。而以移栽后第3 年的种子质量最好，饱满度、千粒重和发芽率均高。