DNA鉴定技术通过对DNA多个遗传标记位点进行检测，通过遗传标记的一致性鉴定，解决了困扰司法鉴定多年的、通过生物检材进行人身同一认定的技术难题。但DNA鉴定技术本身却存在着一定的局限性。

　　DNA鉴定最容易遇到的问题是样品的污染。由于DNA鉴定的灵敏度非常高，通常一根带毛囊的毛发，足以进行数百次检验，而为了不断提高对犯罪现场痕量证据的鉴定能力，客观上还要求其检测敏感度进一步的提高。但是物极必反，过高的灵敏度使样本的污染物也很容易被检测出，以至于与犯罪嫌疑人的发生混淆。样品的污染可能来自现场提取检材、实验室的环境、药品的污染以及技术人员操作过程中造成的交叉污染等，并最后导致错误的鉴定结论。同时，虽然在整个人群中，DNA多个遗传标记均相同的可能性极低，但是同卵双生子的DNA完全相同，他们的遗传标记也一模一样。

　　因此在刑侦断案中，必须将沿用已久的物证分析与DNA鉴定技术共同使用，相互印证，这样才能避免冤假错案的产生，让DNA鉴定技术真正发挥其威力！